Avaliação comparativa da seletividade de antiinflamatórios por isoformas da ciclooxigenase por meio de docking molecular

Abstract

Os anti-inflamatórios não esteroides estão entre os medicamentos mais comumente usados no mundo. O presente estudo trata-se de uma pesquisa básica e teórica, de caráter exploratório, de natureza observacional e abordagem quantitativa com procedimento experimental “in silico”. O objetivo geral foi comparar a afinidade e seletividade de anti-inflamatórios pelas isoformas de ciclooxigenase através de cálculos computacionais. Foi realizada a análise de correlação linear entre os valores experimentais de inibição de cada isoforma, e os valores de energia livre determinados in silico pelo método de docking molecular. Através do programa ADT foram retiradas as moléculas de água, cadeias proteicas desnecessárias, bem como os ligantes complexados. Foram adicionados os hidrogênios polares (essenciais para as interações hidrofílicas) e salvo o arquivo nomeado como cox1.pdb e cox2.pdb. Os arquivos cox*.pdb. foram então utilizados para os cálculos de DM utilizando-se o software GROMACS. Nele foi utilizado o campo de força CHARMM36 all-atom force field, o modelo de solvatação tip3p, preparada a célula unitária em formato cúbico e ao final gerado o arquivo cox*_solv.gro. Em sequência foram adicionados íons sódio ou cloreto para equilíbrio de cargas através do arquivo de parâmetros íons.mdp (com o parâmetro coulombtype = cutt-off e nstlist= 10) e após o comando genion o arquivo cox*_solv_íons.gro foi visualizado no Pymol para conferência. Como resultados os dados de razão cox-2/cox-1 relacionados ao método de docking flexível mostram que os 22 compostos com resultados acima de 1,0, e que assim deveriam identificar compostos cox-2 seletivos, 6 apresentam de fato esta seletividade de acordo com os dados experimentais e apenas 3 são na realidade cox-1 seletivos. Podemos então apontar uma melhor tendência do método flexível em promover a triagem de ligantes úteis quando comparado ao método rígido.